Вуз был основан в августе 1992 года по решению межрегиональной научно-практической конференции для руководителей и специалистов коммерческих банков Сибири при поддержке Межрегиональной ассоциации «Сибирское соглашение» и зарегистрирован под названием «Сибирская международная высшая школа банковского дела» (СМВШБД). Так появился первый негосударственный вуз в Новосибирске.

С 1993 года бессменным ректором является доктор экономических наук, профессор Наталья Васильевна Фадейкина. В 1996 году вуз был переименован в «Сибирский институт финансов и банковского дела» (СИФБД). Первым в городе в июне 1997 году вуз успешно прошел государственную аттестацию и аккредитацию, а в 2000 и в 2005 годах подтвердил государственный статус.

С 2004 года в официальном рейтинге Минобрнауки (Минобразования) РФ Сибирский институт финансов и банковского дела занимал третье место среди аккредитованных негосударственных вузов соответствующей подгруппы.

В апреле 2007 года СИФБД был присвоен статус академии. В июне 2007 года изменилось название – НОУ ВПО «Сибирская академия финансов и банковского дела» (НОУ ВПО САФБД).

В августе 2014 года САФБД исполнится 22 года.